Из всех раскопанных погребений Кок-Эдигана 11 курганов относят к скифскому времени (пазырыкской культуре). Курганы расположены в две цепочки по четыре и пять объектов в каждой, вытянутые с севера на юг, перпендикулярно реке, но два кургана находятся в стороне от остальных. Это овальной формы насыпи, 6-11 м в диаметре, и высотой 10-50 см, сложенные из валунов и скальных обломков. Во всех раскопанных курганах внутри могильной ямы находились деревянные рамы (срубы). Интересно, что расположение цепочек курганов перпендикулярно долине, то есть перпендикулярно направлению господствующих здесь ветров, дующих вдоль долины. Если считать, что погребения имитируют реальное расположение жилищ кочевников, то можно предположить, что расположение их рядами поперек долины препятствует задуванию дыма от одних очагов на другие и возникновению пожаров. Между рядами найдены три поминальные кольцевые оградки.
Могильник Кок-Эдиган необычен - в большинстве курганов погребенные оказались женщинами, а в тех случаях, когда выяснить пол погребенных не представлялось возможным (четыре захоронения), то по сопроводительному инвентарю – бронзовым зеркалам, украшениям в виде покрытых золотой фольгой гривен, серег, бляшек, шпилек и др. – можно было предполагать, что в данных захоронениях тоже были женщины. Также очень необычно то, что в шести курганах в женских погребениях были обнаружены сопроводительные захоронения коней (в двух курганах – даже по два коня) – традиционно конские костяки сопровождают захоронения взрослых мужчин. Наряду с богатством найденных в них украшений, этот факт свидетельствует о высоком статусе похороненных здесь женщин – возможно, они принадлежали к родовой аристократии, или к жреческим кругам. Таким образом, можно предполагать, что могильник Кок-Эдиган является женским кладбищем кочевников.
Загадку для исследователей представляет курган №7 - единственный курган, в инвентаре которого нет женских предметов. Здесь был погребен воин с конем в полном вооружении и снаряжении. Половую принадлежность воина не установлена .В кургане обнаружено оружие (кинжал и чекан из бронзы, колчанный крюк, колчанная бляха, детали наборного пояса и два костяных наконечника стрел), элементы конской упряжи (бронзовые удила, уздечная пряжка, костяной тройник - распределитель ремней и две подпружные костяные пряжки), а также глиняный кувшин и железный нож (орудие труда). Половая принадлежность воина не установлена, но некоторые ученые выдвигают парадоксальное утверждение, что в этом кургане могла быть захоронена пазырыкская амазонка - женщина-воин (подобно тому, как при женском погребении одного из курганов могильника Ак-Аллаха-1 найдены предметы вооружения).
Некоторые находки были украшены изображением зверей или орнаментом. Так, на чекане в виде барельефа изображен четвероногий хищник - кабан, волк или рысь (изображения тотемных животных-хищников часто встречаются в скифских культурах). Чекан в сознании пазырыкского воина Горного Алтая ассоциировался с грифом (в других культурах - с клыком кабана, волка, рыси).
На округлой ручке бронзового зеркала из могильника Кок-Эдиган найдено изображение, похожее на китайский символ Великого равновесия (Инь-Ян), но возможно, что это стилизованное изображение борьбы двух животных.
Могильник Кок-Эдиган по погребальному инвентарю датируется IV-III вв. до н.э.
Указывая на небольшие размеры двух курганных цепочек и сходство погребального инвентаря, ученые выдвигают гипотезу, что эти погребения принадлежали двум родственным семьям, то есть это семейное кладбище, которое функционировало на протяжении 10-20 лет или чуть дольше, причем курганы сооружались один за другим с севера на юг.