В 2 км к северо-востоку от озера находится гребень Катунской террасы, берег с этой стороны высокий, покрыт мелколесьем и зарослями кустарника, к нему вплотную подступают сопки. Противоположный (юго-западный) берег озера низкий, слегка заболоченный. Питание озера осуществляется, в-основном, за счет грунтовых вод, что характерно для большинства водоемов района, а также за счет поверхностного стока со своего водосбора. Уровень воды в озере относительно постоянный на протяжении года, а сама вода имеет низкую минерализацию — она светлая и прозрачная, свободная от взвешенных частиц. Эта особенность присуща и другим озерам, находящимся неподалеку, в том числе, озеру Лебединому, и благодаря ей озеро Кокша, (так же как и озеро Лебединое), часто называют «Светлым».
Озеро дает начало реке Кокше (правой Кокше), исток которой находится в северо-западной части озера. Вблизи истока река принимает воды бьющего из под земли родника, который обеспечивает поддержание постоянного стока реки круглый год. Теплые воды озера, изобилующие кормовыми организмами, смешиваясь с чистыми холодными водами родника создают благоприятный ареал для обитания радужной форели на протяжении всего течения реки. Форель акклиматизирована здесь с 1965 года и успешно прижилась в реке Кокше и ее озерах. На базе озера Кокша и родника было создано первое в Западной Сибири полносистемное форелевое хозяйство, занимающееся разведением радужной форели и карпа.
Признавая эколого-рыбохозяйственную значимость популяции радужной форели, озеро Кокша в комплексе с родником и озером Лебединым утверждено в качестве памятника природы краевого значения. Озеро включено в территорию заказника «Лебединого», в его окрестностях действует особый охранный режим, в том числе, запрещен лов рыбы в озере и верховьях реки Кокши.